Vagrantでjavascriptやcssを変更しても反映されないという問題にはまりました。
ブラウザのキャッシュの問題かと思ったのですが、Chrome Developer ToolのSettingで"Disable cache"にしても変化なし。
ならばサーバー側だということでnginxのキャッシュとかを調べていたら、nginxとかの問題ではなく、VirtualBoxのBugのようで、VirtualBox(Vagrant)とshareしているフォルダにおいてるとだめぽい。
http://docs.vagrantup.com/v2/synced-folders/virtualbox.html
ここに書いてあるようにsendfileをoffにすればなおります。
nginx
sendfile off;
EnableSendFile off
