cocos2d-jsを2系から3系に変更した際にjavascriptのコールバックを呼ぶとexec bad accessでcrashするようになりました。
解決方法はこちらで JS_CallFunctionName crashed on iAP finished callback - Cocos2d-x Forum
JSB_AUTOCOMPARTMENT_WITH_GLOBAL_OBJCET
をJS_CallFunctionする前に呼べばよいです。
all asynchronous function call have this problem
と書いてあったのでC++から非同期でjavascriptをたたく場合にはJSB_AUTOCOMPARTMENT_WITH_GLOBAL_OBJECTをつかう必要がありそう